Procesamiento de datos de transectos móviles en SonoBat
Desplácese hacia abajo para obtener una guÃa detallada sobre cómo asignar ID de especies automatizadas a las grabaciones, depurar archivos de ruido, atribuir metadatos a las grabaciones y exportar metadatos en la plantilla de carga masiva de NABat.
Procesamiento de datos de transectos móviles en SonoBat
Archivos de atributos
Abra el Asistente de datos de SonoBat.
Haga clic en el icono de carpeta en la esquina superior derecha de la ventana y navegue hasta la carpeta que contiene sus archivos .wav / .zc.
NOTA: Para incrustar y exportar metadatos, los transectos móviles deben procesarse individualmente. Seleccione una carpeta que contenga datos para un solo transecto móvil.
Para agregar / actualizar metadatos NABat, seleccione "Atributo NABat" en el menú desplegable en la parte superior izquierda de la ventana. Para los usuarios con versiones anteriores de SonoBat que no cuentan con el atributo NABat, seleccione "Archivos de atributos". Verifique para asegurarse de que la carpeta de entrada aún sea correcta y vuelva a la carpeta deseada si es necesario. Una vez que se selecciona la carpeta de entrada correcta, especifique una ubicación del directorio de salida para guardar los archivos finales (también hay una opción para "cambiar el nombre y el atributo en su lugar"). Observe que el panel derecho de la aplicación se llena con una pantalla de los metadatos GUANO existentes en el archivo. Esto se ampliará con campos de metadatos NABat. Los campos obligatorios de NABat y los campos opcionales de NABat se describen aquà . Los usuarios con versiones de SonoBat que no incluyen el atributo NABat pueden pasar al paso 9.
Los usuarios con versiones de SonoBat que incluyen el atribuidor automático de metadatos de NABat, deben hacer clic en el botón "Metadatos de NABat". En la ventana emergente, haga clic en la casilla para confirmar que está procesando datos de transectos móviles.
El atribuidor de SonoBat NABat está algo desactualizado y se pueden ignorar varios campos, mientras que otros deben ingresarse manualmente (descrito en el paso 9). Sin embargo, esta herramienta es útil para ingresar campos obligatorios.
Si su transecto móvil pasa a través de> 1 celda y tiene un registro de la ubicación X, Y donde se registró cada llamada (usando un GPS externo o un detector habilitado para GPS), deje los campos Inicio / Fin de GPS y NABat Grid Cell ID blanco. El sistema NABat utilizará las ubicaciones X, Y para asignar automáticamente la celda de cuadrÃcula correcta a cada llamada. De lo contrario, las llamadas grabadas fuera de la celda principal producirán un error de discordancia entre celdas Lat / Long-Grid.
Si no puede proporcionar la ubicación X, Y donde se registró cada archivo, el sistema NABat calculará la ubicación en función de la información espacial proporcionada por el usuario para la ruta, las marcas de tiempo de cada archivo y las horas de inicio / finalización de la encuesta. En este caso, es fundamental que los usuarios proporcionen un objeto espacial para la ruta antes de cargar los metadatos, se aseguren de que se proporcionen marcas de tiempo para cada archivo, proporcionen las horas de inicio y finalización de la ruta y dejen en blanco la columna GRTS Cell ID de la carga de metadatos. . Las instrucciones sobre cómo cargar o dibujar un objeto espacial para rutas de transectos móviles están disponibles aquà .
Complete los campos para Nombre del sitio, Hora de inicio del monitoreo y Hora de finalización del monitoreo, y haga clic en la flecha (abajo a la derecha) para pasar a la página siguiente. Estos son campos obligatorios y deben completarse antes de cargar datos en NABat.
Complete los campos de Agrimensor y Tipo de hábitat (no es obligatorio) e ignore los campos restantes. Haga clic en la flecha para pasar a la página siguiente.
Complete los campos para Tipo de detector, Número de serie del detector y Tipo de micrófono (no es obligatorio) e ignore los campos restantes. Haga clic en la flecha para pasar a la página siguiente.
Haga clic en "Finalizar" en la parte inferior derecha.
El tipo de software y la lista de especies son campos obligatorios que se deben ingresar manualmente. El número de serie del micrófono, la ubicación del micrófono y las covariables meteorológicas no son obligatorios, pero también deben ingresarse manualmente si desea incluir estos datos. La guÃa para agregar campos de metadatos manualmente se enumera en el paso 9.
Para los usuarios con versiones anteriores de SonoBat que no incluyen el atribuidor NABat, debe agregar manualmente los campos de metadatos para los que tiene datos siguiendo las instrucciones a continuación:
Para agregar manualmente un nuevo campo de metadatos, haga clic en uno de los triángulos desplegables amarillos y seleccione "agregar nuevo ..."
En el menú emergente, ingrese uno de los nombres de campo de NABat exactamente como aparece aquà (incluya también NABat |).
Haga clic en el menú desplegable en la esquina inferior izquierda de la ventana y seleccione "Crear campo de metadatos avanzados" de las opciones disponibles.
Ingrese el valor para ese campo y haga clic en "Aceptar".
Repita los pasos anteriores para todos los campos de metadatos nabat para los que disponga de datos.
Cambiar el nombre de los archivos
Los usuarios con versiones de software que incluyen el atributo automático NABat pueden pasar a la siguiente sección (Scrub Noise Files). Las versiones de software con el atributo automático NABat cambiarán el nombre de los archivos automáticamente según los metadatos agregados por el usuario.
Si el modelo de detector que está utilizando incrusta automáticamente una marca de tiempo en los archivos de llamadas, "Marca de tiempo" deberÃa aparecer en la lista de metadatos de archivo en la mitad derecha del Asistente de datos de SonoBat. Si es asÃ, puede omitir el proceso de cambio de nombre del archivo. Sin embargo, antes de cargar metadatos en NABat, los usuarios deben asegurarse de que la columna "Tiempo de grabación de audio" del CSV de metadatos exportados contenga valores. De lo contrario, los nombres de archivo deben adherirse al formato de nomenclatura NABat que se describe a continuación.
GRTS ID_LOCATION NAME_RECORDING DATE_TIMESTAMP.wav / zc
Si sus archivos no contienen una marca de tiempo incrustada, seleccione la opción "Editor de nombre de archivo" del menú desplegable en la parte superior izquierda de la ventana del Asistente de datos de SonoBat para agregar los componentes Grid Cell GRTS ID y Site Name como un prefijo a los nombres de archivo. Esto quita el texto antes de la fecha y hora y agrega un nuevo prefijo. Sin embargo, el sistema puede separar el nuevo prefijo y el sello de fecha con un guión en lugar de un guión bajo. Todos los campos DEBEN estar separados por un guión bajo. Esto se puede corregir usando la función "renombrar con comodines", disponible en el menú desplegable sobre el cuadro de prefijo.
Utilice la opción "renombrar con comodines" para realizar una función de "buscar y reemplazar" para reemplazar cualquier carácter que entre en conflicto con el formato de nomenclatura de archivos NABat. Ingrese el texto que desea reemplazar en el campo "patrón de búsqueda" y el texto con el que desea reemplazarlo en el campo "reemplazar patrón de búsqueda con". Se proporciona una vista previa de los nombres de los archivos resultantes para que pueda modificar la fórmula antes de realizar los cambios finales. Haga clic en "Editar nombres de archivo" cuando esté listo para actualizar los nombres de archivo. Es posible que deba realizar varias ejecuciones de cambio de nombre de archivos para lograr el formato deseado.
Limpiar archivos de ruido
Haga clic en el icono de la carpeta en la esquina superior derecha de la ventana del Asistente de datos y navegue hasta la carpeta que contiene sus archivos .wav.
Haz clic en el menú desplegable en la parte superior izquierda y selecciona "Limpiador de archivos por lotes".
Seleccione "medio" de las opciones de filtro y asegúrese de seleccionar el filtro de frecuencia adecuado.
Haga clic en "Scrub" en la parte inferior izquierda de la ventana.
Asignar ID de especies
Abra SonoBat Universal y haga clic en el botón "SonoBatch" en la esquina inferior izquierda.
Haga clic en el icono de la carpeta en la parte superior central de la ventana y navegue hasta la carpeta que contiene los archivos que desea procesar.
Seleccione el clasificador más apropiado para su ubicación usando los menús desplegables en el lado izquierdo de la ventana.
Asegúrese de "¿Agregar códigos de especies a los nombres de archivo?" no está seleccionado.
Seleccione "autofiltro" en áreas sin especies de murciélagos de baja frecuencia y "auto-bajo" en áreas con presencia de murciélagos de baja frecuencia.
Establezca la "calidad de llamada aceptable" en 0,80.
Establezca el "umbral de decisión de sqnc" en 0,90.
Establezca el "número máximo de llamadas a considerar" en 16.
Haga clic en "Procesar" en la parte inferior central de la ventana.
Exportar metadatos a la plantilla de carga masiva de NABat
Los siguientes pasos se pueden utilizar para exportar metadatos de todos los transectos procesados ​​simultáneamente, lo que da como resultado un único CSV con metadatos de numerosas rutas. Simplemente seleccione la carpeta principal que contiene todos sus transectos procesados ​​y siga los pasos que se describen a continuación. La presencia de archivos que no sean .wav en la carpeta no interferirá con este proceso. SonoBat ignorará los archivos que no sean .wav.
Abra SonoBat universal y haga clic en el botón "SonoVet" en la esquina inferior izquierda.
Haga clic en el botón "Agregar al proyecto" en la ventana de Project Vetter y navegue hasta la carpeta que contiene los archivos .wav que han sido procesados, renombrados y que contienen todos los metadatos requeridos.
NABat solicita que los usuarios proporcionen metadatos para los archivos NOISE depurados. Sin embargo, SonoBat ignora automáticamente cualquier carpeta etiquetada como "Archivos de ruido", "Archivos eliminados" o "Archivos eliminados". Para garantizar que los archivos borrados se carguen en la tabla de SonoVet, cambie el nombre de las carpetas que contienen archivos borrados a "NOTBAT" antes de cargar las carpetas en SonoVet.
Haga clic en la pestaña "Configuración" en la barra de menú superior y haga clic en el botón "Cargar diseño" para cargar el formulario de metadatos NABat. Asegúrese de seleccionar el formulario SonoBat adecuado para la versión del software y el tipo de encuesta. Los formularios del proyecto están disponibles para descargar aquà .
Haga clic en la pestaña "Tabla de verificación" de la barra de menú superior. Asegúrese de que todos los campos obligatorios tengan valores y de que se completen todos los campos para los que ha introducido datos.
Si todo está correcto, haga clic en la pestaña "Exportar" de la barra de menú superior. Seleccione una carpeta de destino para guardar el archivo de metadatos y seleccione "Salida nula como" "" o "Salida nula como una celda vacÃa" en el menú desplegable en la parte inferior central de la ventana.
Haga clic en "Guardar en archivo".
El archivo .txt resultante debe convertirse a un archivo .csv. Para convertir el archivo en Excel, abra un nuevo libro de trabajo, haga clic en la pestaña Datos, luego en "Obtener datos", "Desde archivo" y finalmente "Desde texto / CSV". Nota:dependiendo de su versión de Excel, el proceso puede variar ligeramente.
En la ventana emergente, navegue hasta el archivo de texto de SonoBat y haga clic en "Importar". Seleccione "Pestaña" como "Delimitador" y haga clic en "Cargar" en la parte inferior derecha de la ventana. Sus datos ahora se abrirán en una hoja de cálculo de Excel.
Los usuarios que guardaron la latitud y la longitud de las grabaciones con una unidad GPS externa deben agregar manualmente ubicaciones X, Y a la hoja de cálculo de metadatos masiva. Para comenzar, descargue el archivo de ubicaciones de su unidad GPS. Por lo general, tiene la forma de un archivo de texto con columnas para el nombre del archivo, la latitud y la longitud. Los usuarios con detectores habilitados para GPS que incorporan ubicaciones X, Y en archivos de llamadas (las columnas de latitud / longitud de su CSV ya contendrán datos) pueden pasar al paso 16.
Importe el archivo de texto GPS a Excel:
Abra una nueva hoja de cálculo. Haga clic en la pestaña "Datos" y seleccione "Obtener datos", "Desde archivo", "Desde texto / CSV".
Navega hasta tu archivo de texto GPS y haz clic en "Abrir".
Aparecerá un cuadro de diálogo con una vista previa de los datos a importar. Los archivos de texto GPS suelen estar delimitados por tabulaciones. Si sus datos están ordenados correctamente en columnas, haga clic en "Cargar". De lo contrario, use el menú desplegable "Delimitador" para seleccionar el delimitador apropiado y haga clic en "Cargar".
Cuando sus datos se cargan en una hoja de cálculo de Excel, haga clic en el botón "Ordenar y filtrar" (en la pestaña Inicio) y seleccione "Orden personalizado".
En el cuadro de diálogo, seleccione la columna que contiene sus nombres de archivo para "Ordenar por".
A continuación, abra el CSV que contiene los metadatos de su transecto. Siga los pasos 11-12 para ordenar el documento de metadatos por la columna Nombre de la grabación de audio.
Los dos documentos de Excel (CSV de metadatos y hoja de cálculo GPS) ahora deberÃan estar ordenados por nombre de archivo. Verifique dos veces para asegurarse de que las columnas del nombre de archivo coincidan.
Si los documentos están ordenados correctamente, ahora puede copiar y pegar las columnas de latitud y longitud del archivo GPS en el CSV de metadatos. Seleccione las columnas de latitud y longitud del documento GPS. Resalte las columnas de latitud y longitud, haga clic con el botón derecho y seleccione "Copiar". A continuación, seleccione la celda Latitude de la primera llamada para la implementación, haga clic con el botón derecho y seleccione "Pegar". Las columnas de latitud y longitud ahora deberÃan llenarse con los valores correspondientes.
Para que el sistema NABat lea sus metadatos, los encabezados de columna creados por SonoBat deben reemplazarse con los nombres de los campos de metadatos de la plantilla NABat. Para hacerlo:
Seleccione y copie todos los encabezados de columna separados por comas de la siguiente tabla.
Seleccione la celda A1 de su hoja de cálculo y pegue los nuevos encabezados de columna.
Haga clic en la pestaña "Datos" en Excel.
Seleccione el botón "Texto en columnas".
En el cuadro de diálogo, seleccione "Delimitado" como tipo de archivo y haga clic en "Siguiente".
Seleccione "Coma" como "Delimitadores" y haga clic en "Finalizar".
Los encabezados ahora deberÃan distribuirse en las columnas apropiadas.
La versión de software especÃfica ahora debe agregarse manualmente. Resalte la columna "Tipo de software" y, utilizando la función de buscar / reemplazar, reemplace "SonoBat" por "SonoBat 3.x", "SonoBat 4.2" o "SonoBat 4.x", según la versión de software especÃfica.
Haga clic en Archivo, luego en Guardar como y seleccione la carpeta donde desea guardar la hoja de cálculo de metadatos. Asigne al archivo un nombre único y descriptivo y luego seleccione "CSV (delimitado por comas)" en el menú desplegable "Guardar como tipo".
Sus metadatos ya están listos para cargarse en el Portal de socios de NABat.
Tabla 1. Encabezados de columna de metadatos NABat para levantamientos acústicos estacionarios.
| ID de celda de GRTS, nombre de ubicación, hora de inicio de la encuesta, hora de finalización de la encuesta, detector, número de serie del detector, micrófono, número de serie del micrófono, ubicación del micrófono, contacto, comentarios, sucesos inusuales, temperatura baja del evento, temperatura alta del evento, humedad relativa baja del evento, Evento Humedad relativa alta, Evento con clima bajo, Evento con clima alto, Evento con baja velocidad del viento, Evento con alta velocidad del viento, Evento con poca nubosidad, Evento con mucha nubosidad, Nombre de grabación de audio, Tiempo de grabación de audio, Latitud, Longitud, Tipo de software, Identificación automática, identificación manual, lista de especies