Procesamiento de datos acústicos estacionarios en Kaleidoscope Pro

Desplácese hacia abajo para obtener una guía detallada sobre cómo asignar ID de especies automatizadas a las grabaciones, depurar archivos de ruido, atribuir metadatos a las grabaciones y exportar metadatos en la plantilla de carga masiva de NABat.

Procesamiento de datos acústicos estacionarios en Kaleidoscope Pro

  1. Abra Kaleidoscope y haga clic en "Examinar" para seleccionar el directorio de entrada de la carpeta que contiene sus archivos .wav / .zc. Seleccione la casilla junto al tipo de archivos de entrada (WAV / ZC). NOTA:seleccione una carpeta que contiene todos los datos para un despliegue único detector de todas las noches (en un solo sitio). Esta es la selección más amplia para la que todos los archivos compartirán los mismos metadatos (nombre del sitio, latitud, longitud, etc.).

  2. Descargue los formularios de metadatos NABat requeridos aquí (NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_‌Stationary.xml para usar con los pasos 1-9 a continuación y NABat_Stationary_Meta_Output_Only_KPRO.xml para usar con los pasos 12-18 a continuación). A continuación, haga clic en el menú desplegable sobre el "Formulario de proyecto predeterminado" y seleccione "Agregar o reemplazar un formulario de proyecto". Navegue a NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_‌Stationary.xml y seleccione el archivo. El formulario de metadatos NABat ahora se cargará en la parte inferior de la sección INPUTS (la mitad izquierda de la ventana Kaleidoscope).

  3. Complete todos los campos de metadatos para los que tiene datos. Los campos obligatorios incluyen el ID de celda de GRTS o la latitud y longitud, el nombre de la ubicación, la hora de inicio de la encuesta, la hora de finalización de la encuesta, el tipo de software y la lista de especies. Algunos campos requieren un formato específico. Pase el puntero sobre un campo para dar formato a sugerencias y / o una lista de entradas aceptadas.

  4. Una vez que se hayan completado todos los campos de metadatos obligatorios (y cualquier campo adicional para el que tenga datos), seleccione el directorio de salida deseado para guardar los archivos procesados ​​haciendo clic en "Examinar" en la parte superior derecha de la ventana.

  5. Una vez que se ha seleccionado el directorio de salida, elija "Por la noche" en el menú desplegable "Crear subdirectorios" para mantener los archivos nuevos organizados por noche del detector. A continuación, seleccione el tipo de archivos de salida que desea crear, WAV o ZC (los archivos ZC no se pueden convertir a WAV). Para exportar metadatos con éxito, debe seleccionar archivos WAV o ZC en la ventana SALIDAS y crear copias de los archivos originales durante este paso. Estas copias contendrán metadatos incrustados que serán la fuente de la hoja de cálculo de salida "meta" que cargará en NABat.

    • Los usuarios con archivos de cruce por cero que terminan en la extensión. # En lugar de .zc deben seleccionar las opciones "Nombres de archivo 8.3" y "Usar .zc en lugar de. ?? #" debajo de "Archivos ZC".De lo contrario, Kaleidoscope eliminará los segundos del nombre del archivo, lo que aumentará la probabilidad de que haya nombres de archivo duplicados (resultantes de archivos distintos registrados en el mismo minuto) que crearán errores al cargar metadatos en la base de datos NABat.

  6. A continuación, haz clic en la pestaña "Auto ID para murciélagos" en la parte superior de la ventana. Seleccione "Murciélagos de América del Norte" en el menú desplegable "Clasificadores". Seleccione "+ 1 más precisa (conservadora)" del menú desplegable en la parte superior derecha y seleccione su estado / región en el menú desplegable debajo de la lista de especies. Las especies se pueden agregar o eliminar manualmente en función del conocimiento específico de los conjuntos de especies en su área, pero esto debe reflejarse en su lista de especies NABat.

  7. Haga clic en "Procesar archivos" en la esquina inferior derecha de la ventana.

  8. Cuando Kaleidoscope haya terminado de procesarse, revise las identificaciones automatizadas y confirme o rebaje la ID de Kaleidoscope (ID manual). Para los estudios estacionarios, la guía de NABat exige una verificación de llamada manual por especie por noche para establecer presencia-ausencia.

  9. Si su modelo de detector incrusta automáticamente una marca de fecha / hora en los archivos de llamadas, estos datos deben completarse automáticamente y aparecer en la columna "Tiempo de grabación de audio" de la salida "meta" de Kaleidoscope. Si es así, puede omitir el proceso de cambio de nombre. Sin embargo, antes de cargar metadatos a NABat, asegúrese de que la columna "Tiempo de grabación de audio" contenga datos. De lo contrario, los nombres de los archivos deben adherirse al formato de nomenclatura de NABat y los usuarios deben seguir las instrucciones del paso 10. Si la columna "Tiempo de grabación de audio" se completa automáticamente, puede pasar al paso 11.

  10. Para cambiar el nombre de los archivos, abra NABat F ile Renamer o descargue el script R para cambiar el nombre de los archivos acústicos . Si usa NABat File Renamer, navegue hasta la carpeta que contiene los archivos que acaba de crear con metadatos e ID (será una subcarpeta dentro de la carpeta de salida del paso 4). Cambie el nombre de todos los archivos para asegurarse de que sean coherentes con el formato de nomenclatura de NABat y para eliminar el _000 adjunto por Kaleidoscope. Formato de nomenclatura NABat: GRTSID_SITENAME_YYYYMMDD_HHMMSS.wav / zc. Orientación más detallada sobre el cambio de nombre de archivos acústicos está disponible aquí .

  11. Repita los pasos del 1 al 10 para todas las implementaciones que desee procesar. Una vez completados, los pasos 12-18 permitirán a los usuarios exportar simultáneamente metadatos para todas las implementaciones procesadas en un solo CSV de carga masiva.

  12. Regrese a la ventana de procesamiento por lotes, haga clic en "Examinar" en la ventana "Directorio de entrada" y seleccione la carpeta principal que contiene todas sus implementaciones procesadas (los nuevos archivos que creó con metadatos e ID en los pasos 1-9). Seleccione un nuevo directorio de salida. Si la casilla junto a "Archivos WAV" o "Archivos ZC" aún está marcada, desmarque la casilla (esta vez no creará archivos nuevos, solo un archivo "meta" que contenga metadatos NABat).

  13. Haz clic en la pestaña "Auto ID para murciélagos" y selecciona "DESHABILITADO" en el menú desplegable "CLASIFICADORES".

  14. Reemplace el archivo NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_SurveyType.xml del paso 2 con NABat_SurveyType_Meta_Output_Only_KPRO.xml. La ventana de entrada de datos ya no incluirá los campos de metadatos de NABat, sin embargo, el formulario seguirá exportando los metadatos incrustados de los pasos 1-9.

  15. Haga clic en "Procesar archivos" en la esquina inferior derecha de la ventana.

  16. Navegue hasta la carpeta del directorio de salida actual y abra el archivo "meta". Verifique para asegurarse de que todos los campos para los que ingresó datos estén llenos y asegúrese de que una o ambas columnas de Identificación automática / Identificación manual estén completadas.

  17. Cambie el nombre del archivo con un nombre descriptivo y único y guárdelo (el sistema NABat sobrescribirá automáticamente los nombres de archivo duplicados con la versión más reciente, por lo que es fundamental que su nombre de archivo sea único).

 

Procesamiento de datos de transectos móviles en Kaleidoscope Pro

1. Abra Kaleidoscope y haga clic en "Examinar" para seleccionar el directorio de entrada de la carpeta que contiene sus archivos .wav/.zc. Seleccione la casilla junto al tipo de archivos de entrada (WAV/ZC).​  NOTA:Para incrustar y exportar metadatos, los transectos móviles deben procesarse individualmente. Seleccione una carpeta que contenga datos para un solo transecto móvil. 

2. Descargue los formularios de metadatos de NABat requeridos aquí  (NABat_Metadata_Form_‌Kaleidoscope_Mobile.xml para usar con los pasos 1-9 a continuación y NABat_Mobile_Meta_Output_Only‌_KPRO.xml para usar con los pasos 12-18 a continuación). A continuación, haga clic en el menú desplegable sobre el "Formulario de proyecto predeterminado" y seleccione "Agregar o reemplazar un formulario de proyecto". Vaya a NABat_Metadata_Form_‌Kaleidoscope_Mobile.xml y seleccione el archivo. El formulario de metadatos de NABat ahora se cargará en la parte inferior de la sección ENTRADAS (la mitad izquierda de la ventana Caleidoscopio).

3. Complete todos los campos de metadatos para los que tenga datos. Los campos obligatorios incluyen el nombre de la ubicación, la hora de inicio de la encuesta, la hora de finalización de la encuesta, el tipo de software y la lista de especies. Algunos campos requieren un formato específico. Pase el puntero sobre un campo para obtener sugerencias de formato y/o una lista de entradas aceptadas. La información espacial de la ruta debe cargarse o dibujarse antes de completar estos pasos y cargar los metadatos. La guía para proporcionar datos espaciales para la ruta está disponible aquí . Asegúrese de que el "Nombre de la ubicación" que proporcione con los metadatos de la llamada coincida con el nombre del objeto espacial que cargue o cree.

• Si su transecto móvil pasa a través de > 1 celda y tiene un registro de la ubicación X,Y donde se registró cada llamada (utilizando un GPS externo o un detector habilitado para GPS), deje en blanco el campo ID de celda GRTS. El sistema NABat utilizará las ubicaciones X,Y para asignar automáticamente la celda GRTS correcta a cada llamada. De lo contrario, las llamadas grabadas fuera de la celda principal producirán un error de discrepancia de ID de GRTS/latitud-longitud. Si la latitud y la longitud están incrustadas en sus archivos de llamadas, el formulario de metadatos de Kaleidoscope extraerá esos valores y completará automáticamente la salida de metadatos. Si los valores de latitud y longitud se descargaron de una unidad GPS, consulte el paso 17.  ​

• Si no puede proporcionar la ubicación X,Y donde se registró cada archivo, el sistema NABat puede estimar la ubicación en función de la información espacial proporcionada por el usuario para la ruta, las marcas de tiempo de cada archivo y las horas de inicio/finalización de la encuesta. . En este caso, es fundamental que los usuarios proporcionen un objeto espacial para la ruta antes de cargar los metadatos, se aseguren de proporcionar marcas de tiempo para cada archivo, proporcionen las horas de inicio y finalización de la ruta y dejen en blanco la columna ID de celda GRTS de la carga de metadatos. . 

4. Una vez que se hayan completado todos los campos de metadatos requeridos (y cualquier campo adicional para el que tenga datos), seleccione el directorio de salida deseado para guardar los archivos procesados haciendo clic en "Examinar" en la parte superior derecha de la ventana.

5. A continuación, seleccione "Cada noche" en el menú desplegable "Crear subdirectorios" si desea mantener los archivos nuevos organizados por noche del detector. Seleccione el tipo de archivos de salida que desea crear, WAV o ZC (los archivos ZC no se pueden convertir a WAV). Para exportar metadatos con éxito, debe seleccionar archivos WAV o ZC en la ventana SALIDAS y crear copias de los archivos originales durante este paso.Estas copias contendrán metadatos incrustados que serán la fuente de la hoja de cálculo de salida "meta" que cargará en NABat.

• Los usuarios con archivos de cruce cero que terminan con la extensión .# en lugar de .zc deben seleccionar las opciones "8.3 nombres de archivo" y "Usar .zc en lugar de .??#" debajo de "Archivos ZC". De lo contrario, Kaleidoscope eliminará los segundos del nombre de archivo, aumentando la probabilidad de nombres de archivo duplicados (como resultado de archivos únicos grabados en el mismo minuto) que generarán errores al cargar metadatos en la base de datos de NABat. ​

6. Haga clic en la pestaña "Identificación automática para murciélagos" en la parte superior de la ventana. Seleccione "Murciélagos de América del Norte" del menú desplegable "Clasificadores" y seleccione su estado/región del menú desplegable debajo de la lista de especies. Las especies se pueden agregar o eliminar manualmente según el conocimiento específico de los conjuntos de especies en su área, pero esto debe reflejarse en su lista de especies de NABat . 

7. Haga clic en "Procesar archivos" en la esquina inferior derecha de la ventana.

8. Cuando Kaleidoscope haya terminado de procesarse, revise las identificaciones automáticas y confirme o rebaje la ID de Kaleidoscope (ID manual). Para transectos móviles, la guía de NABat exige la verificación manual de todos los archivos de llamadas para estimar la abundancia.

9. Si el modelo de su detector incorpora automáticamente una marca de fecha/hora en las grabaciones, estos datos deberían completarse automáticamente y aparecer en la columna "Tiempo de grabación de audio" de la salida "meta" de Kaleidoscope. Si es así, puede omitir el proceso de cambio de nombre del archivo. Sin embargo, antes de cargar metadatos en NABat, debe asegurarse de que la columna "Tiempo de grabación de audio" contenga datos. De lo contrario, los nombres de archivo deben cumplir con el formato de nomenclatura de NABat y los usuarios deben seguir las instrucciones del paso 10. Si la columna "Tiempo de grabación de audio" se autocompleta con éxito, puede pasar al paso 11.

10. Para cambiar el nombre de los archivos, abra NABat File Renamer  o descargue elscript R para cambiar el nombre de los archivos acústicos. Si usa NABat File Renamer, navegue a la carpeta que contiene los archivos que acaba de crear con metadatos e ID (esta será una subcarpeta dentro de la carpeta de salida del paso 4). Cambie el nombre de todos los archivos para asegurarse de que sean coherentes con el formato de nombres de NABat y elimine el _000 agregado por Kaleidoscope.

Formato de nombre NABat: GRTSID_SITENAME_YYYYMMDD_HHMMSS.wav/zc. Hay disponible una guía más detallada sobre cómo cambiar el nombre de los archivos acústicosaquí

11. Repita los pasos 1 a 10 para todos los transectos que desee procesar. Una vez completados, los pasos 12 a 24 permitirán a los usuarios exportar metadatos simultáneamente para todos los transectos procesados en un solo archivo CSV de carga masiva.

12. Regrese a la ventana de procesamiento por lotes, haga clic en "Examinar" en la ventana "Directorio de entrada" y seleccione la carpeta principal que contiene todos los transectos procesados (los nuevos archivos creados con metadatos e identificaciones de especies en los pasos 1-10). Seleccione un nuevo directorio de salida. Si la casilla junto a "Archivos WAV" o "Archivos ZC" todavía está marcada, anule la selección de la casilla (esta vez no creará nuevos archivos, solo un archivo "meta.csv" que contiene metadatos NABat).

13. Haga clic en la pestaña "Identificación automática para murciélagos" y seleccione "DESHABILITADO" en el menú desplegable "CLASIFICADORES".

14. Reemplace el archivo NABat_Metadata_Form_Kaleidoscope_Mobile.xml del paso 2 con NABat_Mobile_Meta_Output_Only_KPRO.xml. La ventana de entrada de datos ya no incluirá campos de metadatos NABat; sin embargo, el formulario aún exportará los metadatos incrustados de los pasos 1-9.

15. Haga clic en "Procesar archivos" en la esquina inferior derecha de la ventana.

16. Navegue a la carpeta del directorio de salida actual y abra el archivo "meta". Verifique para asegurarse de que todos los campos para los que ha ingresado datos estén llenos y asegúrese de que las columnas de ID automático/ID manual estén llenas.

17. Los usuarios que guardaron la latitud y la longitud de las grabaciones con una unidad de GPS externa deben agregar manualmente las ubicaciones X,Y a la hoja de cálculo de metadatos masivos. Para comenzar, descargue el archivo de ubicaciones de su unidad GPS. Por lo general, tiene la forma de un archivo de texto con columnas para el nombre del archivo, la latitud y la longitud. Los usuarios con detectores habilitados para GPS que incrustan ubicaciones X,Y en archivos de llamadas (las columnas de latitud/longitud de su CSV ya contendrán datos) pueden saltar al paso 24.

18. Importe el archivo de texto del GPS a Excel:

• Abra una nueva hoja de cálculo. Haga clic en la pestaña "Datos" y luego seleccione "Obtener datos",luego "De  File" y finalmente "De texto/CSV".

• Navegue a su archivo de texto GPS y haga clic en "Abrir".

• Aparecerá un cuadro de diálogo con una vista previa de los datos a importar. Los archivos de texto GPS suelen estar delimitados por tabuladores. Si sus datos están correctamente ordenados en columnas, haga clic en "Cargar". De lo contrario, use el menú desplegable "Delimitador" para seleccionar el delimitador adecuado y haga clic en "Cargar".​

19. Cuando sus datos se carguen en una hoja de cálculo de Excel, haga clic en el botón "Ordenar y filtrar" (en la pestaña Inicio) y seleccione "Ordenar personalizado".​

20. En el cuadro de diálogo, seleccione la columna que contiene sus nombres de archivo para "Ordenar por".

21. A continuación, abra el CSV que contiene los metadatos de su transecto. Siga los pasos 19 y 20 para ordenar el documento de metadatos por la columna Nombre de la grabación de audio.

22. Los dos documentos de Excel (metadatos CSV y hoja de cálculo GPS) ahora deben ordenarse por nombre de archivo. Verifique dos veces para asegurarse de que las columnas de nombre de archivo coincidan.

23. Si los documentos están ordenados correctamente, ahora puede copiar y pegar las columnas de latitud y longitud del archivo GPS en el CSV de metadatos. Seleccione las columnas de latitud y longitud del documento GPS. Resalte las columnas de latitud y longitud, haga clic derecho y seleccione "Copiar". A continuación, seleccione la celda Latitud de la primera llamada para la implementación, haga clic con el botón derecho y seleccione "Pegar". Las columnas Latitud y Longitud ahora deben estar llenas con los valores correspondientes.

24. Cambie el nombre del archivo de metadatos con un nombre descriptivo y único y guárdelo ( el sistema NABat sobrescribirá automáticamente los nombres de archivo duplicados con la versión más reciente, por lo que es fundamental que su nombre de archivo sea único )._cc781905-5cde-3194-bb3b- 136malo5cf58d_

25. El archivo de metadatos ahora está listo para cargarse en su proyecto NABat.